赵海涛团队预测泛癌种免疫治疗生存获益及免疫应答-北京中华基因库

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赵海涛团队预测泛癌种免疫治疗生存获益及免疫应答

2022-05-26 12:24:51发布 2830次浏览

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权威来源：Genome Medicine
发现机构：北京协和医院赵海涛团队
涉及病症：非小细胞肺癌、黑色素瘤等9种癌种的免疫治疗患者
涉及技术：MSK-IMPACT panel进行测序可将癌症患者分为高风险和低风险组。
涉及基因：构建了一个基于突变的11基因集，包含468个基因
之前情况：免疫检查点抑制剂（ICI）改善了许多癌症患者的生存率。但ICI治疗的受益人群仍有限，因此筛选预测生物标志物对患者进行分类十分必要。目前，许多生物标志物，例如肿瘤突变负荷（TMB）等，已作为指示性生物标志物应用于临床。但部分免疫治疗耐药相关基因突变的高TMB患者对ICI治疗不敏感。因此，鉴定对ICI治疗应答的特定遗传决定因素或可提高癌症患者的免疫治疗临床获益。
实验验证：使用独立队列分析不同肿瘤类型的综合突变基因集。通过PSM算法、分层分析和多因素COX回归分析，对基于突变的基因集在不同类型肿瘤中的应用性能进行了测试，结果表明基于突变的基因集是可靠的。
重大意义：该研究提出的基于突变的基因集是第一个系统识别的综合基因组标志物，可用于评估泛癌种的ICI治疗效果。该研究提出了一种新的肿瘤分类方法，或可用于指导ICI治疗决策。
权威点评：该研究仍存在局限性。首先，由于一些突变可能在某些肿瘤类型中富集，研究的最初目标是创建一个panel，而不是识别单个基因（如BRAF），因为前者可以包含更多的基因来预测不同类型肿瘤的预后。其次，虽然探索了基于突变的基因集中11个基因的免疫景观，但仍然需要在体内、外功能实验中阐明每个基因影响免疫治疗的分子机制。第三，还应通过免疫组化检测致癌通路的富集分数和免疫检查点的表达模式。
应用产品：CHINA DNA MSK-IMPACT
相关链接：https://doi.org/10.1186/s13073-022-01024-y

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基因集是免疫治疗独立的预后预测因子
接下来，研究团队验证了基于突变的基因集是否是免疫治疗反应的独立预测因子。在训练和验证集中，单因素COX回归分析显示，该基因集与OS相关。在校正药物类型、肿瘤类型和TMB等变量后，多因素COX回归分析显示，该基因集仍然是独立的预测因素，并证实了其独立预测ICI预后的稳定性（图2A, B）。同时，研究团队利用C-index比较了基于突变的基因集和TMB、药物类型的性能，以确定哪个因素具有最好的预测性能。C-index结果显示，在训练集和验证集中，基于突变的基因集能够比TMB和药物类型更准确地预测预后（图2C, D）。

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