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      T2T-CHM13——新的人类基因组参考序列 1图
      该序列被称为T2T-CHM13,由30.55亿个碱基对和19969个蛋白质编码基因组成。和GRCh38相比,T2T-CHM13增加了近2亿个碱基对,其中包括99个可能编码蛋白质的基因和近2000个
      国外发现 《科学》(Science) 美国国家标准与技术研究院(NIST)、端粒到端粒(T2T)联盟 公布了第一个完整的、无间隙的人类基因组序列。 染色体中间和末端的着丝粒和端粒。 受当时的技术限制,人类基因组序列草图留下了大约8%的空白。 研究人员分别以T2T-CHM13和GRCh38作为模板,同时测量了来自不同大陆的数千人的基因组序列。通过将两种测序结果进行比较,发现纠正了后者产生的数万个错误。 完整的认识基因,才能改造基因!为我们进一步奠定了坚实的基础! “全面提高了基因测序的准确度,更适合于分析200多个与医学相关的基因。!”——中华基因库创始人 https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl3533
      赵海涛团队预测泛癌种免疫治疗生存获益及免疫应答
      基因集是免疫治疗独立的预后预测因子接下来,研究团队验证了基于突变的基因集是否是免疫治疗反应的独立预测因子。在训练和验证集中,单因素COX回归分析显示,该基因集
      国内发现 Genome Medicine 北京协和医院赵海涛团队 非小细胞肺癌、黑色素瘤等9种癌种的免疫治疗患者 MSK-IMPACT panel进行测序可将癌症患者分为高风险和低风险组。 构建了一个基于突变的11基因集,包含468个基因 免疫检查点抑制剂(ICI)改善了许多癌症患者的生存率。但ICI治疗的受益人群仍有限,因此筛选预测生物标志物对患者进行分类十分必要。目前,许多生物标志物,例如肿瘤突变负荷(TMB)等,已作为指示性生物标志物应用于临床。但部分免疫治疗耐药相关基因突变的高TMB患者对ICI治疗不敏感。因此,鉴定对ICI治疗应答的特定遗传决定因素或可提高癌症患者的免疫治疗临床获益。 使用独立队列分析不同肿瘤类型的综合突变基因集。通过PSM算法、分层分析和多因素COX回归分析,对基于突变的基因集在不同类型肿瘤中的应用性能进行了测试,结果表明基于突变的基因集是可靠的。 该研究提出的基于突变的基因集是第一个系统识别的综合基因组标志物,可用于评估泛癌种的ICI治疗效果。该研究提出了一种新的肿瘤分类方法,或可用于指导ICI治疗决策。 该研究仍存在局限性。首先,由于一些突变可能在某些肿瘤类型中富集,研究的最初目标是创建一个panel,而不是识别单个基因(如BRAF),因为前者可以包含更多的基因来预测不同类型肿瘤的预后。其次,虽然探索了基于突变的基因集中11个基因的免疫景观,但仍然需要在体内、外功能实验中阐明每个基因影响免疫治疗的分子机制。第三,还应通过免疫组化检测致癌通路的富集分数和免疫检查点的表达模式。 CHINA DNA MSK-IMPACT https://doi.org/10.1186/s13073-022-01024-y
    共2记录 1
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